除了军屯土地这一因素之外，还有就是财政问题，因为按照朝廷现在定例，地方都司卫所脱产士卒的军饷、军粮等供应问题，是有朝廷和地方官府共同负责的，地方也要承担一部分开支，而镇协官军则是由朝廷全额承担军饷军粮的，所以对于地方官府，尤其是南方的地方官府而，他们认为卫所是远远不如募兵的，卫所毕竟是要地方官府来承担开支的，而随着倭患的平定，南方暂时没有用兵之需，所以他们认为卫所是徒费钱粮，要求撤销或者是减少卫所的呼声不断。

同时他们认为应当加强募兵，尤其是本乡本土的募兵，南方的官员们之前上疏朱载j称：“其家在是，则所获工食便于归寄，防春之暇便于归耕，其人善恶便于保结，召之则聚，散之则归。若四方泛募，则是乌合之众、无赖之徒，招之甚易，散之甚难。今日之兵，夫他日之盗贼也。盖离家久远，财不得寄归，淫酗赌博，恒心亡矣。一旦革之，非劫夺何以生乎？”

他们认为就是本乡本土募兵，才是最好的办法，因为本地应募者，官府可以通过户籍和产业进行控制，加以军事纪律和社会关系的约束，能聚能散；外地流民则既难加以纪律的约束，又没有产业的拖累，在解雇后容易成为社会的不稳定因素。这也说明东南募兵不同于被纳入卫所制的北边募军，官府需要后者终身服役及从其家庭获取长期稳定的兵源，故而不会予以解散；而前者既然存在被解散的可能，那么军役仅仅是本人有限的责任而不连带家庭。

这点也是南方和北方募兵的最大区别，同时南方的官员们认为卫所不堪大用，又难以解决，除了给地方增加负担之外，别无他用，他们在奏疏中说道：“自军政久废，始有民兵之设。若以此辈不堪振作，即当散其伍于民间，而另图兵农之长策，如今之召募与民壮，未始不可。如既不能用，又不能散，而馈饷如故，民何以堪？”

朱载j向重臣们询问对于此事的看法，兵部尚书梁梦龙认为卫所必不可废，他说道：“陛下，召募之兵与尺籍军大有所异。尺籍之军，世受国恩，无问老少强弱，皆有常饩，且老疾有例，纪录有粮，夏布冬花，优恤备至，其月食粮一石，调遣更支行粮四斗五升，马军又得关支草料，为之帮贴，已足称事。召募之兵非强壮不得入选，既无素养之恩，有疾辄便汰去，又无常食之惠，既为车战，即不给马，自非酌拟尺籍人马之食而稍优之如北方民兵然，则人必不乐从。”

梁梦龙认为卫所士卒世受国恩，在可靠性是远远高于募兵的，同时由于有军屯可以保障他的家属，同时朝廷对士卒家属予以优待，可以使得朝廷以较少的军费养一支规模较大且有战斗力的军队，而如果使用募兵的话，军饷肯定是要更高的。朝廷财政难以承受。_c