一些人绝望之下，扔掉武器，脱下显眼的军服或欧式服装，试图混入平民或投降的人群，但很快被复仇心切的华人辨认出来，下场凄惨。

马尼拉城乱成一团，总督府内的胡安总督也透过窗户看到了这一幕，他面无人色，顿时瘫坐在椅子上。

他知道，一切都结束了。

马尼拉，西班牙在远东的统治基石，在他手中以这样一种近乎神话般惨烈的方式，崩塌了。

他甚至没有组织最后的抵抗，只是遣散了试图保护他突围的总督卫队，独自一人在越来越近的喊杀声中，用那把象征权力的总督佩剑结束了自己的生命。

不久之后，总督府很快就被明军和华人义民攻占，义民们对这位贪婪的总督深恶痛绝，拿出绳子绑着他的尸体，在街道上拖拽，任凭唾骂。

西班牙王国的殖民地旗帜也被降下，扔入燃烧的柴堆之中，被火焰吞噬、蚕食。

随着大量明军入城，城内战斗迅速演变成一面倒的追剿和清算，明军主力在华人引导下，有条不紊地占领各战略要点，包括军械库、粮仓、码头……所遇抵抗微乎其微。

而圣地亚哥堡的守军在得知总督自尽、外城尽失的消息后，士气更加低迷，主动派出使者想要与明军谈判投降事宜。

圣地亚哥堡呈三角形，由棕榈木及夯土构筑，北临巴石河，扼守河口，西临海，东南为沼泽，易守难攻。

在没有战船协助的情况下，想要强行攻克圣地亚哥堡，肯定要付出不小的代价。

因此，朱继恒在得到底下的汇报后，沉吟片刻，授意前线接受守军的投降。

并表示只要守军主动开城投降，上缴兵械，将赦免他们之前的罪行，保留他们的个人财产，允许他们携带家眷一同登船离开马尼拉。

得到明军的保证后，守军在犹豫和迟疑中最终还是选择了投降，在堡楼顶端升起了巨大的白旗，城门缓缓打开。

至此，马尼拉城内所有有组织的抵抗全部平息。

黄昏前，明军彻底接管了马尼拉全城，为了避免军中出现劫掠、骚扰百姓的事情，他下令将骑兵及部分线列步兵编为临时宪兵队，在城中各处巡逻。

若遇到有人抢劫、骚扰百姓，不论华夷、身份高低，皆以军法论处。

此外，包括三名议员在内的西班牙高级官员、军官及士兵都被俘虏，集中看押，并接受登记造册。

缴获的火炮、火枪、danyao、粮食及金银财物、货物堆积如山，还未清点，光看规模便已是令人咋舌。

黄昏过后，夜幕降临，零星的哭喊、追捕和趁乱劫掠仍在阴暗角落发生，但明军巡逻队和宪兵队的火把与呵斥声，正迅速将混乱压制下去。

帕利安区内，华人们点起灯火，开始收拾残破的家园，收敛亲人尸体，空气中弥漫着悲痛、仇恨与劫后余生的复杂情绪。

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